主要功能:
可以在给定反应温度和气体分压/反应物浓度下计算一个反应网络的稳态反应速率、进行DRC分析;可以进行activity map的计算。
技术特点:
为了保证得到正确的收敛结果,求解稳态速率时先求解微分方程得到初猜,然后使用牛顿迭代法结合任意精度软件包mpmath把解提高到任意精度。用这种策略可以得到绝大多数体系的稳态速率。
运行环境:
需要的python包有numpy、scipy和mpmath。为了避免ODE求解时间过长,在ODE的函数运行超过设定时间后函数会自动退出,这里用了python自带的signal包,但这个包的alarm函数在windows下不可用,所以pymkm只能在linux下运行。 在准备好json输入文件后可以使用命令:pymkm input.json 运行。